В 2004 году на двух факультетах в этом году уже обучалось 1466 студентов. Знаменательно, что девятый выпуск БАГСУ, прошедший в июне 2004 г., показал серьезный рост качества подготовки студентов. Обучение в академии завершили 317 человек, из них 44 получили дипломы с отличием.

В феврале 2004 г. ректором академии было принято решение о создании нового структурного подразделения - службы довузовской подготовки, которую возглавил к. ю. н. В. В. Гайдук. Всего для поступления в академию подали документы 988 абитуриентов. По результатам вступительных испытаний на первый курс по всем специальностям и формам обучения были зачислены 588 студентов. Это почти в два раза превысило численный состав первокурсников предыдущих лет. Впервые был осуществлен прием на специальность «Маркетинг» на базе высшего профессионального образования. В ноябре 2004 г. служба довузовской подготовки была реорганизована в отдел приема и качества образования, руководителем которого назначен к. ю. н. И. И. Исхаков.

Руководство академии постоянно стремилось активизировать и расширять спектр реализуемых структурными подразделениями программ дополнительного образования. На факультете повышения квалификации государственных и муниципальных служащих в рамках государственного заказа были организованы 16 краткосрочных образовательных программ для обучения 1014 государственных и муниципальных служащих, а также 4 программы на основе внебюджетного финансирования, в которых участвовал 161 специалист.

Основное содержание «Концепции долгосрочной стратегии социально-экономического развития Республики Башкортостан» было обсуждено на расширенном заседании Правительства Республики Башкортостан.

Отделом государственной и муниципальной службы для Администрации Президента Республики Башкортостан был разработан научно-методический материал «Предложения по порядку формирования органов местного самоуправления (муниципальных районов и городских округов)».

Совершенствовалась структура академии в направлении адекватного реагирования на запросы экономики и образовательного рынка. В соответствии с решением ученого совета академии в сентябре 2004 г. была создана кафедра управления инновациями и инвестиционной деятельностью, руководство которой было поручено д. э. н. Л. С. Валинуровой.

Приказом ректора академии от 9 сентября 2004 г. № 212-А был создан факультет профессиональной переподготовки государственных и муниципальных служащих. Деканом факультета был назначен к.и. н., профессор кафедры государственной службы и муниципального управления
С. Ю. Кабашов. На факультете осуществлялись
500-часовые образовательные программы профессиональной переподготовки государственных и муниципальных служащих Республики Башкортостан с годичным сроком обучения по следующим специализациям «Государственная служба», «Муниципальное управление», «Государственные и муниципальные финансы»,
«Государственное регулирование экономики».

Развивались международные связи академии. В сентябре 2004 г. состоялась профессиональная конференция по теме «Качество и надежность в системе управления и обслуживания клиентов», организованная международным центром г. Вустер (США) совместно с выпускниками программы «Сотрудничество Профессиональных Объединений г. Уфы» при поддержке консульства США. В октябре 2004 г. была организована встреча заведующих кафедрами БАГСУ с координатором программ IREX (международный Совет по научным исследованиям и обменам — некоммерческая организация в США) Аароном Редбергом с презентацией программ стипендий Э. Маски и студенческого обмена (UGRAD). В ноябре 2004 г. состоялся Follow-up семинар, организованный совместно с немецким обществом «In Went», в котором приняли участие представители из 21 города Российской Федерации из 2-образовательных консорциумов из ФРГ. В декабре 2004 г. в БАГСУ выступали с лекциями зарубежные профессора: Войтек Вьеворович заведующий кафедрой правовой информатики университета г. Гданьска (Польша) и Андрес Кебалос Кабрило (Италия). В декабре 2004 г. ректор академии
И. Р. Гимаев принял участие в семинаре в Италии в рамках Президентской программы подготовки служащих Администрации Президента Российской Федерации.

В 2005 г. на двух факультетах высшего образования обучалось 1559 студентов, из них в рамках государственного заказа - 386 государственных и муниципальных служащих. В этом году академия в десятый раз провела государственные аттестационные испытания студентов и выпустила самое большое за всю ее историю количество специалистов - 395 человек, 45 из которых получили дипломы с отличием.

Значительная работа в 2005 г. была проделана приемной комиссией академии по новому приему. Всего в результате проведенных вступительных испытаний на первый курс были зачислены 1086 человек, из них 142 в рамках государственного заказа и 926 — на договорной основе.

В апреле 2005 г. академия прошла лицензионную экспертизу на право осуществления образовательной деятельности по программам высшего профессионального образования: 032001 «Документоведение и документационное обеспечение управления» и 080503 «Антикризисное управление». Таким образом, академия могла осуществлять образовательные программы высшего образования уже по 9 специальностям.

Интенсивно развивалась образовательная деятельность академии в области дополнительного образования. На факультете профессиональной переподготовки обучение осуществлялось по 500-часовым образовательным программам. В декабре 2005 г. 86 слушателей первого выпуска факультета закончили полный курс обучения и получили право на ведение профессиональной деятельности в сфере государственного и муниципального управления.

На кратко срочных курсах факультета повышения квалификации государственных и муниципальных служащих в 2005 г. было обучено 849 человек.

Учебно-методическим центром финансовых и бухгалтерских кадров проводились краткосрочные курсы повышения квалификации по темам
«Организация конкурсных закупок товаров и услуг для государственных и муниципальных нужд», «Новый план счетов бухгалтерского учета в бюджетных организациях и особенности его применения», «Актуальные вопросы бухгалтерского учета и налогообложения». Всего за 2005 г. прошли обучение 1273 человека.

Учебно-консультационный маркетинговый центр «Академмаркетинг» провел обучение 402 специалистов.

Продолжала укрепляться материально-техническая база академии. В 2005 г. были проведены работы по реконструкции и ремонту здания по ул. Цюрупы, 6. Создана компьютерная локальная сеть в здании по ул. Цюрупы, 6 и единая сеть между зданиями по ул. Фрунзе, 40 и ул. Цюрупы, 6.

Пятнадцатый год существования академии был отмечен устойчивым динамичным ростом всех направлений деятельности. Совершенствовалась ее структура. На основании решения ученого совета от 27 апреля 2006 г. факультет государственной службы и управления был преобразован в два факультета — государственного и муниципального управления (декан Р. Х. Кунакбаев) и экономики и управления (декан Р. А. Миянов). Теперь в составе академии работали 5 факультетов. Были созданы две новые кафедры — государственного строительства и теории права (заведующий И. Р. Гимаев) и профессиональной коммуникации, и документационного обеспечения управления (заведующий С. Ю. Кабашов).
Кафедра государственной службы и муниципального управления была переименована в кафедру государственного и муниципального управления (заведующий И. Ш. Рысаев), а кафедра теории и истории государства и права — в кафедру истории государства и права (заведующая Р. А. Федько).

В 2006 г. в академии на трех студенческих факультетах обучалось 2012 человек, в том числе по государственному заказу — 403 государственных и муниципальных служащих. Одиннадцатый раз был осуществлен выпуск дипломированных специалистов. В этом году их количество составило 366 человек, из них — 38 получили дипломы с отличием. Впервые академией был осуществлен выпуск 39 студентов, обучавшихся 6 лет по программам первого высшего образования.

Достаточно успешно был проведен прием на первый курс на базе высшего, среднего профессионального и среднего (полного) образования. Всего в рамках государственного заказа были приняты 153 человека, на договорной основе поступили на обучение 727 человек

Развивалось международное сотрудничество академии. В январе 2006 г. на базе академии прошла конференция «Проблема глобального потепления и Киотский протокол. Экономические аспекты», организованная совместно с Представительством Японии в Москве. В апреле этого года делегация Канадской школы государственной службы посетила академию.

В целом период 2003—2006 гг. показал динамичное развитие вуза. В результате освоения новых направлений в образовательной деятельности академия сумела в рамках административной реформы стать востребованной для системы государственной и муниципальной службы, экономических структур народного хозяйства республики и более того — в определенной степени начала работать на опережение спроса на новые специальности, новые формы дополнительного образования.