С 24 февраля 2022 года, в составе своего подразделения, принимал участие в специальной военной операции по защите Донецкой и Луганской народных республик. Погиб 19 августа 2022 года при выполнении боевых задач в ходе специальной военной операции на территории Донецкой Народной Республики. Похоронен Сергей Трунтов на федеральном мемориале «Пантеон защитников Отечества» в Мытищинском районе Московской области. Указом Президента Российской Федерации (24 января 2023 года) за мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга Сергею Трунтову было присвоено звание Героя Российской Федерации. Медаль «Золотая Звезда» была вручена семье Героя.
