В составе своего авиационного подразделения он выполнял боевые задачи во время специальной военной операции. Василий Петрович был командиром специальной боевой вертолётной группы, обеспечивал выполнение сложных боевых задач и готовил экипаж к вылету. Во время одной из операций 15 апреля 2022 года он выполнял задачу в Изюмском районе, где его вертолёт обнаружил колонну бронетехники противника.
Василий Клещенко совершил успешный огневой удар, уничтожив несколько машин противника, но его вертолёт был сбит на сверхмалой высоте в результате вражеского контрудара. Попав в засаду рядом с селом Гусаровка, Василий Клещенко отдал приказ второму пилоту покинуть вертолёт, пытаясь самостоятельно вывести машину из огня. Он не собирался сдаваться в плен и погиб на месте, держа в руках неразорвавшуюся гранату и пистолет..
Василий Клещенко погиб как герой, не предав свои принципы и оставшись верным своему долгу до последней минуты.
