С 24 февраля 2022 года Шамиль Магомедов, в составе своего подразделения, принимал участие в специальной военной операции по защите Донецкой и Луганской Народных Республик. В начале сентября 2022 года, в ходе ожесточённых боев в районе села Борщевая (Харьковская область, Украина), взвод, под командованием старшего лейтенанта Магомедова, попал в окружение. Два дня взвод держал оборону. На третий день противник пошёл в атаку. Шамиль Магомедов, видя, что противник подходит к занимаемым взводом позициям, начал обстреливать их из гранатомёта. Благодаря грамотным действиям командира взвода удалось отразить атаку и обеспечить отход группы на безопасные позиции. Украинские войска, после отступления, при помощи беспилотного летательного аппарата, смогли обнаружить позицию российских войск и повторили атаку. В ходе этого боя старший лейтенант Шамиль Магомедов получил ранение несовместимое с жизнью].
7 апреля 2023 года Указом Президента России, за мужество и героизм, проявленные в ходе выполнения воинского долга, старшему лейтенанту Шамилю Магомедову присвоено звание Герой Российской Федерации.
