Академия была создана постановлением Совета Министров Башкирской ССР от 9 августа 1991 года №189 как Башкирская коммерческая академия и является правопреемницей сложившейся в советские годы системы подготовки и обучения руководящих кадров. Башкортостан еще в двадцатых годах прошлого века, став первым участником формирования РСФСР как федеративного государства, сразу начал реализацию планов по обучению жителей республики управленческому труду. В мае 1919 года были открыты курсы, переименованные впоследствии в Уфимскую губернскую партийную школу, а далее в Уфимский губернский рабоче-крестьянский университет.
В 1941 году постановлением бюро Башкирского обкома ВКП(б) была открыта двух- и трехгодичная партшкола, переименованная в 1958 году в Уфимскую высшую партийную школу. Вплоть до момента распада СССР в 1991 году в Уфе активно работали курсы переподготовки и повышения квалификации советских и партийных работников. Закономерно, что после провозглашения государственного суверенитета республики потребность в собственном учебном заведении по подготовке руководящих кадров особенно возросла.
В 1993 году Академия получает новое название — Башкирская академия управления. В 1994 году учредителем учебного заведения становится Президент Республики Башкортостан. Современное официальное название Академии по Уставу — Государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Башкирская академия государственной службы и управления при Главе Республики Башкортостан».
С 1998 года Академия является участником Федеральной программы подготовки управленческих кадров для организаций народного хозяйства Российской Федерации совместно с ведущим вузом республики — Уфимским государственным авиационным техническим университетом по специальностям: «Стратегический менеджмент» и «Инновационный менеджмент».
Практика подтверждает, что выпускники Академии востребованы, а полученное ими образование способствует достижению больших успехов в профессиональной деятельности.