Начальник тыла Красной Армии генерал армии Хрулев 19 апреля 1945 года дал задание Техническому комитету главного интендантского управления разработать проекты медалей за взятие и освобождение городов за пределами СССР. К работе над проектами медалей была привлечена большая группа художников. В общей сложности рассматривалось 116 рисунков. Автор утвержденного проекта медали — художник Кузнецов А.И., также являющийся автором проектов нескольких других наград.
Большая часть награждений медалью «За взятие Берлина» произошла непосредственно после окончания Великой Отечественной войны. Так, в период за 1945—1948 гг. медалью было награждено около 1.082.000 человек. Однако, некоторая часть солдат и офицеров, участвовавших в штурме Берлина, по различным причинам не смогла получить медаль в этот период. Всем этим лицам медали были вручены позднее.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 февраля 1951 года установлено, что медаль «За взятие Берлина» и удостоверение к ней в случае смерти награжденного оставляются в его семье для хранения как память. До появления данного Указа сама медаль и удостоверение к ней после смерти награжденного возвращались государству.
Вероятно, одно из последних в истории награждений этой почетной медалью состоялось летом 2003 года. В российском посольстве в Армении медаль вручили жителю Еревана Анатолию Зеленцову. Во время штурма Берлина гвардии старшина Зеленцов был ранен, попал в госпиталь и по каким-то причинам не получил заслуженную награду. Медаль нашла его лишь спустя 58 лет.
Всего медалью «За взятие Берлина» было произведено свыше 1.100.000 награждений.