Медаль «За боевые заслуги», учрежденная одновременно с медалью «За отвагу», была одной из первых советских медалей.
Автор рисунка медали — художник Дмитриев С.И.
Первое награждение медалью «За боевые заслуги» было произведено 19 октября 1938 года. Медали удостоились 168 человек.
Впервые в предвоенные годы медаль «За боевые заслуги» вручалась в массовом порядке участникам боев у озера Хасан и в районе реки Халхин-Гол.
Всего до начала Великой Отечественной войны было произведено более 21 тысячи награждений этой медалью.
Во время Великой Отечественной войны награждение медалью «За боевые заслуги» приняло массовый характер. Медалью в основном награждался рядовой и сержантский состав, реже — младшие офицеры. Также случались награждения и гражданских лиц. Так, например, летом 1941 года медалью «За боевые заслуги» был награжден 15-летний московский школьник Женя Нефедов. Он получил эту награду за успешную борьбу с немецкими зажигательными бомбами, которыми фашистские бомбардировщики засыпали жилые кварталы Москвы. За один налет восьмиклассник Нефедов загасил девять «зажигалок».
Еще до окончания войны был введен порядок награждения орденами и медалями военнослужащих Красной Армии за выслугу лет. Единственной медалью, которой награждались военнослужащие за 10 лет безупречной службы, была медаль «За боевые заслуги» (за выслугу 15, 20 и более лет вручались ордена). Такой порядок награждения «за выслугу лет» был отменён лишь в 1958 году.
В послевоенные годы, помимо награждений за выслугу лет, медаль «За боевые заслуги» вручалась и за конкретные боевые отличия. В 1956 году была награждена большая группа военнослужащих, отличившихся в подавлении «контрреволюционного мятежа» в Венгрии. Только в одной 7-й Гвардейской воздушно-десантной дивизии этой медали удостоились 196 человек.
По состоянию на 1 января 1995 года медалью «За боевые заслуги» было произведено 5.210.078 награждений.