В этом же году БАГСУ прошла государственную аккредитацию. Согласно Свидетельству о государственной аккредитации
№ 25-0501 от 24 мая 1999 г. БАГСУ было разрешено вести образовательную деятельность на уровне высшего, а по государственно-аккредитационному статусу вуз был отнесен к виду высшего образовательного учреждения — академия, который имеет право на выдачу выпускникам, прошедшим итоговую государственную аттестацию государственных документов Российской Федерации с указанием квалификации по реализуемым образовательным программам. Таким образом, именно в 1998 г. Башкирская академия государственной службы
и управления при Президенте Республики Башкортостан была признана как классический вуз, имеющий лицензию, государственную аттестацию, государственную аккредитацию Министерства общего и профессионального образования Российской Федерации.