В 1991 г. прежняя партийно-советская система подготовки управленческих кадров прекратила свое существование. Но перестройка дала толчок к реформе высшего образования. В стране в конце 1980-х — начале 1990-х гг. появилось большое количество всевозможных «школ бизнеса», «институтов» и даже «академий менеджмента». У них отсутствовали научно-обоснованные программы подготовки менеджеров, профессорско-преподавательский состав не отвечал требованиям высшей школы.

В 1991 г. инициативная группа, в которую в которую вошли заместитель Председателя Совета министров, председатель Госплана республики Р. А. Жемалетдинов, проректор Уфимского авиационного института В. М. Гареев, заведующий кафедрой политической экономии Башгосуниверситета А. Х. Махмутов, академик Академии Наук Республики Башкортостан
Р. Ш. Магазов, начала работу по формированию в республике академии менеджмента.

В соответствии с Программой стабилизации экономики Башкирской ССР и перехода к рыночным отношениям
11 июля 1991 г. в Совете министров было проведено совещание по вопросам системы подготовки, переподготовки и непрерывного повышения квалификации управленческих кадров для работы
в условиях рынка.

В итоге непростой организационной работы постановлением Совета министров «Об учреждении Башкирской коммерческой Академии» от 9 августа 1991 г. № 189 был создан новый вуз, который должен был стать основой республиканской системы послевузовского и дополнительного образования управленческих кадров.

Вот как описывает момент становления вуза в своих воспоминаниях сам А. Х. Махмутов: «Вначале мы и сами не представляли, каким получится новое учебное заведение. Нужно было определить его статус, основные направления и структуру. Рассматривался и вопрос о том, где нас следует поместить. На первых порах академия расположилась в здании Общественно-политического центра. Но наше юридическое положение еще не было определено: не ясно было, кто финансирует, кто содержит здание. Мы договорились работать на полном хозрасчете.
К этому времени в академии начал формироваться
постоянный штат»

Во временном положении о Башкирской коммерческой академии был определен статус академии как центра подготовки, переподготовки и повышения квалификации кадров рыночной экономики и научно-координационного центра для всех учебных подразделений на территории республики, осуществляющих подготовку и переподготовку управленческих и предпринимательских кадров на коммерческой основе.

Основными направлениями работы созданного учебного заведения стали основы современного менеджмента и маркетинга, агробизнес, маркетинг по внешнеэкономической деятельности.

Экономический блок возглавил талантливый ученый-экономист А. Р. Гаскаров. Проректором по учебной работе был назначен
С. В. Федотушкин, которому уже приходилось работать деканом и заведующим кафедрой в Уфимском технологическом
институте сервиса.

По этой же программе прошли обучение молодые предприниматели, председатели колхозов, директора совхозов, работники жилищно-коммунального хозяйства.
Три группы банковских работников обучались
по программам банковского менеджмента.
По этой тематике были проведены курсы в 10 группах, включая выезды в города Стерлитамак, Октябрьский, Туймазы, Учалы, Сибай. Переход экономики на новую систему учета вызвал большой интерес к учебе учетных работников. В 16 группах прошли обучение 622 бухгалтера.

Формировался учебно-методический материал, были разработаны свыше 30 учебных планов и программ. Создание собственного редакционно-издательского отдела
с множительной техникой обеспечивало слушателей
учебно-методическим материалом для самостоятельной работы. Академия издавала сборники методических материалов «Экономика и закон».

С расширением масштабов, изменениями функций и основных направлений деятельности академии были пересмотрены концептуальные контуры ее работы. В апреле 1992 года Академия стала называться Башкирская академия управления.

Государственные органы республики брали на себя обязательства о возмещении академии расходов по обучению работников республиканских органов власти и управления за счет республиканского бюджета. Изменился и статус академии, которая превращалась из государственно-коммерческого
в государственное учебное заведение.

Основным направлением деятельности академии стала подготовка, переподготовка и повышение квалификации руководителей и специалистов республиканских органов государственной власти и органов местного самоуправления.

Изменение концепции деятельности академии потребовало внести изменения и в ее структуру. Был введен факультетский принцип организации учебного процесса и созданы 2 факультета. В структуру академии также входили учебный,
редакционно-издательский, административно-хозяйственный отделы, финансовый отдел с бухгалтерией и канцелярия.

За период своего существования академия из небольших курсов повышения квалификации превратилась в особый тип высшего учебного заведения — в вуз дополнительного образования.
В целом два непростых года показали значительный творческий потенциал созданного вуза,
но главное — они продемонстрировали способность коллектива учебного заведения вести образовательную деятельность, отвечающую потребностям рыночных реформ, смелого научного реагирования на сложные вопросы кадровой политики в условиях уже начавшихся в республике политических и социально-экономических преобразований.