Заместитель командира эскадрильи 4-го истребительного авиационного полка 11-го смешанного авиационного корпуса 15-й воздушной армии Брянского фронта, дважды Герой Советского Союза.
В Красной Армии с 1940 года. В 1941 году окончил Качинскую военную авиационную школу.
Участник Великой Отечественной войны: в июне 1941 — мае 1945 — лётчик, командир звена, заместитель командира и командир авиационной эскадрильи 4-го истребительного авиационного полка.
В конце августа 1942 года, в первом же воздушном бою на Сталинградском фронте, его Як-7Б вновь был подбит. С заклинившим двигателем он с трудом сел на вынужденную и чудом остался жив в скапотировавшем из-за пробитого колеса самолёте.
К 17 августа 1943 года заместитель командира эскадрильи 4-го истребительного авиационного полка старший лейтенант И. Н. Степаненко совершил 232 боевых вылета, в 75 воздушных боях сбил 23 самолёта противника.
За мужество и героизм, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, старшему лейтенанту Степаненко Ивану Никифоровичу Указом Президиума Верховного Совета СССР от 13 апреля 1944 года присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда». Участвовал в освобождении Белоруссии и Прибалтики. К февралю 1945 года командир авиаэскадрильи 4-го истребительного авиационного полка майор И. Н. Степаненко совершил 395 боевых вылетов, в воздушных боях сбил 32 самолёта противника.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 18 августа 1945 года майор Степаненко Иван Никифорович награждён второй медалью «Золотая Звезда».
Всего совершил 414 боевых вылетов на истребителях И-153, Як-7 и Як-9, в 118 воздушных боях сбил лично 33 и в составе группы 9 самолётов противника.