Василий Бондаренко родился 23 апреля 1922 года в селе Мякеньковка (ныне — Решетиловский район Полтавской области Украины) в семье крестьянина. После смерти отца воспитывался в детском доме в Киеве, окончил 10 классов средней школы. В 1939 году был призван на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. В 1941 году Бондаренко окончил Качинскую военную авиационную школу лётчиков. Служил в 69-м истребительном авиаполку. С первых дней Великой Отечественной войны на её фронтах. Участвовал в обороне Одессы, совершил 6 боевых вылетов, принял участие в 3 воздушных боях, получил тяжёлое осколочное ранение.
После переформирования полка Бондаренко был оставлен в его составе как один из лучших лётчиков. С июня 1942 года принимал участие в боях на Юго-Западном фронте, совершил 20 боевых вылетов, сбил 3 вражеских самолёта. 22 июня 1942 года во второй раз получил тяжёлое ранение. В декабре 1942 года в третий раз был ранен. Участвовал в боях на Южном и Сталинградском фронтах, совершил 6 боевых вылетов на «И-16» и 30 — на «ЛаГГ-3», принял участие в 8 воздушных боях, сбил 4 самолёта. Совершил 18 вылетов на «Як-1», сбил 1 самолёт «Me-109».
С апреля 1943 года воевал в 45-м ИАП (17 июня 1943 года преобразован в 100-й Гвардейский ИАП), где летал на "Аэрокобре". Участвовал в боях на Кубани, в Перекопской, Ясско-Кишинёвской, Львовско-Сандомирской операциях. В феврале 1945 года переведён в 16-й Гвардейский ИАП, продолжая летать на "Аэрокобре".
К 20 марта 1945 года командир звена 16-го Гвардейского истребительного авиационного полка (9-я Гвардейская истребительная авиационная дивизия, 6-й Гвардейский истребительный авиационный корпус, 2-я Воздушная армия, 1-й Украинский фронт) Гвардии старший лейтенант В. Е. Бондаренко совершил 324 боевых вылета, в 68 воздушных боях сбил лично 19 и в составе пары 1 самолёт противника (в наградном листе говорится о 24 личных победах). За эти подвиги представлен к высшей награде страны.
Свои последние победы одержал в небе Берлина. Всего совершил более 350 боевых вылетов, провёл более 70 воздушных боёв, в которых сбил лично 24 и в составе пары 1 самолёт противника. Сам 6 раз был ранен, дважды горел в воздухе. Сражался на Южном, Закавказском, Юго-Западном, Сталинградском, Северо-Кавказском, 4-м Украинском, 2-м Украинском и 1-м Украинском фронтах.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 27 июня 1945 года за «мужество и воинскую доблесть, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками» гвардии старший лейтенант Василий Бондаренко был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» за номером 6596.
После окончания войны Бондаренко продолжил службу в Советской Армии. В 1953 году в звании подполковника был уволен в запас. В 1965 году окончил Киевский институт народного хозяйства. Написал книгу «Нет неизвестных солдат».
Проживал в Киеве, умер 20 февраля 2001 года. Похоронен на киевском кладбище «Берковцы».
Награждён орденами: Ленина (27.06.1945), Красного Знамени (30.10.1943, 25.09.1944, 13.05.1945), Отечественной войны 1-й степени (17.07.1944, 11.03.1985), Красной Звезды (30.08.1942); медалями.
