В сентябре 1939 года Гнидо был призван на службу в РККА. В 1940 году он окончил Сталинградскую военную авиационную школу, после чего служил в ней же лётчиком-инструктором. С 12 июля 1941 года — на фронтах Великой Отечественной войны. 12 декабря 1941 года Гнидо протаранил своим истребителем «И-16» вражеский самолёт, сам при этом был тяжело ранен, но сумел выпрыгнуть с парашютом.
В боях под Сталинградом на «Ла-5» лейтенант Пётр Гнидо одержал 10 побед, сбив семь «He-111» и три «Bf-110». В марте 1943 года командовал эскадрильей 13-го истребительного авиаполка 201-й истребительной авиадивизии 2-го смешанного авиационного корпуса 8-й воздушной армии Южного фронта. К апрелю 1943 года командир эскадрильи 13-го истребительного авиационного полка лейтенант П. А. Гнидо совершил 206 боевых вылетов, участвовал в 43 воздушных боях, сбил лично 14 и в составе группы 7 самолётов противника.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 1 мая 1943 года за «мужество и героизм, проявленные на фронте борьбы с немецкими захватчиками» лейтенант Пётр Гнидо был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Всего за время своего участия в войне Гнидо совершил 406 боевых вылетов, принял участие в 80 или 82 воздушных боях, сбив 34 самолёта противника лично и 6 — в группе.
Умер 17 марта 2006 года, похоронен на Новогородском кладбище Одессы.
