Археологические раскопки на территории современного города Уфы свидетельствуют, что первые поселения возникли здесь уже в эпоху древнекаменного века — палеолита, когда жилищами для людей служили пещеры, а на открытых местах — землянки. Основным занятием древних племен являлась коллективная охота на крупных зверей, орудия труда изготовлялись из камня, кости и дерева. В эпоху каменного века, шесть — семь тысяч лет тому назад, люди пользовались микролитами —небольшими орудиями труда из камня, каменными топорами, кирками и гарпунами — их найдено много и на городской территории, и в окрестностях Уфы. В более позднее время появились лук и стрелы, долбленые лодки, рыболовные сети, а к самому концу каменного века — глиняная посуда. Были приручены дикие собаки, лошади, коровы, свиньи и овцы. Следы поселений этой эпохи найдены археологами на правом берегу реки Уфы напротив деревни Дудкино, рядом с Затоном у деревни Миловка, у старого русла реки Белой около деревни Романовка.
В природном и географическом отношении район Уфимского полуострова представлял большие удобства для заселения — полноводные реки, густые леса, плодородные пойменные луга с богатой растительностью были удобны для занятий охотой и рыболовством, земледелием и скотоводством, а крутые обрывистые склоны правого берега Белой служили защитой от нападения воинственных соседей.
Строительство уфимской крепости. Историк края Петр Рычков писал об основании города: «…башкирцы о построении сего города челобитие свое имели не только для того, чтоб им положенный на них ясак тут платить было льготнее, но и от неприятелей иметь здесь убежище и защиту».
Возникновение же Уфы в этом смысле уникально – город «очерчивался», планировался на землях, принадлежавших ранее ногайским ханам; к минским башкирам эти земли перешли лишь после покорения Казанского ханства и изгнания из башкирского края ногайцев. Огромные земли Бельско-Уфимского междуречья еще не успели попасть в хозяйственный оборот башкирского населения, поэтому поводов для конфликта на момент строительства крепости даже не возникало. Наоборот, генеалогические предания минских башкир – шежере – говорят о том, что местные жители не только просили царя о скорейшем возведении крепости, но и помогали служилым людям в построении укреплений.
В то время край имел статус уезда, им руководил приказ Казанского дворца, и все население подчинялось казанским воеводам и наместникам. Край делился на четыре «дороги» (области): Ногайскую, Казанскую, Сибирскую и Осинскую. «Дороги», в свою очередь, делились на волости, а те, соответственно, на роды (аймаки или тюбы). Управлять таким огромным краем из Казани было крайне неудобно, а отсутствие городов с вооруженными гарнизонами делало невозможной защиту территории от нападений извне. До основания Уфы башкиры возили ясак в Казань за шестьсот верст. Поездка туда и обратно занимала до двух месяцев.
Уфа конца XVI в. выступала как важное связующее звено между Россией и Сибирью, уфимские стрельцы принимали участие в походах против сибирских татар и в строительстве первых городов Сибири. Так, в 1594 г. через Уфу был направлен отряд в составе 145 московских стрельцов, 300 башкир и 100 казанских и свияжских татар для борьбы с Кучумом и строительства города Тары, а в 1600 г. с аналогичной целью в Сибирь был послан уфимец, сын боярский Артемьев «со товарищами».